Situada al bell cim d’un turó prop del Matamors, aquesta petita església romànica d’una sola nau data de les acaballes del segle XI.
La història diu que, antigament, va ser possessió d’un destacat jueu de Banyoles que hi va fer estroncar, per un temps, el culte catòlic. El 1303, però, l’abat Bernat de Banyoles va comprar-ne la propietat i restablí el culte. L’edifici va ser reconstruït al segle XVI després dels terratrèmols del segle anterior. Consta també, que cap al segle XVI la devoció envers la santa era extraordinària, va ser instituïda una confraria i almenys tres cops per setmana s’hi celebraven misses.
La joia d’aquesta ermita és el seu retaule que encara avui es conserva. Datat del segle XVI el retaule de Santa Magdalena de Noves té una gran importància dins el patrimoni artístic de la nostra comarca. El retaule, fet a l’oli sobre fusta policromada de noguera, consta de setze peces que ens presenten escenes de la vida de santa Magdalena, sant Valeri i la Verge Maria. Coronat per una escena de l’anunciació, el retaule es divideix verticalment en dues meitats, protagonitzades per Santa Magdalena i Sant Valeri, respectivament. Al mig hi ha dues escenes de la crucifixió i el coronament de Maria. A la predel·la (base) hi ha pintats Sant Pere, la verge Maria, Jesús, Santa Magdalena i Sant Pau.
